Manaus compte de nombreuses universités. Bien que la langue nationale soit le portugais et qu’il s’agisse de la principale langue d’enseignement, l’espagnol et l’anglais sont encore utilisés et intégrés dans le programme d’études des écoles secondaires.

L’Université fédérale d’Amazonas ou Universidade Federal do Amazonas est l’une des universités publiques de Manaus. C’est la plus ancienne école du Brésil. Elle propose différents diplômes de premier et de deuxième cycle, notamment en droit et en communication sociale, en médecine et en ingénierie. Elle compte actuellement un total de 766 facultés qui s’occupent de ces différents diplômes. L’un des diplômés célèbres de l’université est Eduardo Braga, le gouverneur de l’État d’Amazonas.

L’Université de l’État d’Amazonas ou Universidade do Estado do Amazonas est une autre université située à Manaus. Il s’agit d’une université gérée par l’État d’Amazonas.

Les autres universités proposées à Manaus sont le Centro Universitário do Norte ou UNINORTE, le Centro de Educação Integrada Martha Falcão, le Centro Universitário de Educação Superior do Amazonas ou CIESA, le Centro de Ensino Superior Nilton Lins, Escola Superior Batista do Amazonas, Faculdade Boas Novas, Centro Federal de Educação Tecnológica, Faculdade Metropolitana de Manaus, Universidade Luterana do Brasil, et Universidade Paulista.