La ville de Florianópolis a d’abord été habitée par les indiens Tupi-Guarani’s Carijós qui l’appelaient Meiembipe, ce qui se traduit par « montagne le long du canal ». Les traces de la présence de ce groupe dans la région remontent à plus de 4 000 ans.

En 1514, les portugais qui débarquèrent dans la région l’appelèrent Ilha dos Patos, mais elle fut ensuite rebaptisée Ilha de Santa Catarina, ou île de Santa Catarina en français, en 1526. La ville a joué un rôle essentiel dans l’approvisionnement en navires de la Bacia da Prata.

La civilisation formelle de la ville a commencé avec l’arrivée de la compagnie agricole de Francisco Dias Velho – un bandeirante – en 1673. La construction de la chapelle consacrée à Nossa Senhora do Desterro a ensuite marqué l’entrée de la région dans l’ère coloniale.

Pour s’assurer la possession de l’endroit, les portugais ont fait passer l’île de Santa Catarina au rang de village en 1714 sous le nom de Nossa Senhora do Desterro, puis l’ont élevée au rang de ville en 1726.

Après avoir été colonisée et rebaptisée plusieurs fois jusqu’à ce qu’elle soit connue aujourd’hui sous le nom de Florianópolis, la ville a commencé à s’épanouir en tant qu’important centre commercial. Cela s’explique principalement par sa situation idéale sur la côte sud du Brésil, à mi-chemin entre Buenos Aires et Rio de Janeiro.