La ville de João Pessoa est considérée comme l’une des plus anciennes villes du Brésil, avec une histoire riche et mouvementée. Après une guerre avec les Français et les Tabajara, les alliés indigènes du pays, la ville a été fondée le 5 août 1585 par des colons portugais venus du Pernambouc. Elle a d’abord été baptisée Nossa Senhora das Neves, en l’honneur de la sainte du jour. Cependant, sous l’influence de l’Espagne, le nom a été changé en Filipéia de Nossa Senhora das Neves, en l’honneur de Philippe II.
Lorsque la région est devenue un lieu idéal pour la production de canne à sucre, les Portugais, les Hollandais et les Français se sont disputé le contrôle de la région. La forteresse de Santa Catarina a été construite par les Portugais pour protéger la ville des Hollandais, qui représentaient la plus grande menace pour la première colonie brésilienne.
Pendant vingt ans, entre 1634 et 1654, la ville a été sous le contrôle des Hollandais qui lui ont donné un autre nom, Frederikstadt, d’après Frederick Henry, le stadtholder ou chef d’État de la ville. Le nom de Nossa Senhora das Neves a ensuite été rétabli lorsque les Portugais l’ont réoccupée.
En 1817, elle fut à nouveau rebaptisée, cette fois en Parahyba do Norte, mais lorsque le gouverneur de Paraíba, João Pessoa, fut assassiné le 26 juillet 1930 à Recife, les citoyens de l’État votèrent tous pour renommer la ville en l’honneur de Pessoa.