Fortaleza formaba parte de la provincia de Pernambuco. No fue hasta 1799 cuando se separó de la provincia de Ceará y, durante ese tiempo, la ciudad de Fortaleza fue declarada capital del estado.

La historia de Fortaleza se remonta al siglo XVI. Un explorador español llamado Vicente Pinzón descubrió esta zona y la llamó Santa María de la Consolación, pero nunca se hizo oficial a causa del Tratado de Tordesillas. Años después, distintos colonizadores reclamaron la zona.

Fue el portugués Pero Coelho de Souza quien inició la colonización en 1603. La construcción del Fuerte de São Tiago, cerca del río Ceará, fue una de las contribuciones que hizo durante su estancia. Algunos años más tarde, los holandeses construyeron el Fuerte Schoonenborch en la parte norte de Brasil, pero fue rebautizado como Fortaleza de Nossa Senhora da Assunção por los portugueses cuando los holandeses fueron expulsados. Más tarde, en 1726, este fuerte se convirtió en un pueblo. Años después se separarían las dos provincias de Ceará y Pernambuco y la ciudad pasó a conocerse como Fortaleza.

Sería el florecimiento de la industria algodonera en la ciudad el hecho que la situaría en el mapa. La ciudad experimentó grandes avances económicos entre 1846 y 1877, como la exportación de algodón, la creación de escuelas secundarias y una biblioteca pública, y la construcción de un ferrocarril.

Fue en la década de 1970 cuando se creó el distrito industrial de la ciudad. Ahora la ciudad es una de las principales atracciones turísticas del norte de Brasil.