La ciudad de Florianópolis, en su origen, estaba habitada por los nativos, en concreto, por los indios Carijós de Tupi-Guaranía, quienes la llamaban Meiembipe, que en español se traduciría como “montaña a lo largo del canal”. La presencia de esta comunidad de personas data de hace más de 4000 años.
En el año 1514, los portugueses que desembarcaron en la zona la llamaron Ilha dos Patos, pero, más tarde, en el año 1526, la rebautizaron como Ilha de Santa Catarina, o, en español Isla de Santa Catarina. La ciudad tuvo un papel fundamental en la fabricación de barcos para la Bacia da Prata.
La creación de una sociedad como tal en la ciudad comenzó con la llegada en 1673 de la compañía agrícola de Francisco Dias Velho, un bandeirante. A este acontecimiento le siguió la construcción de la capilla llamada Nossa Senhora do Desterro, que marcó el inicio de la colonización del territorio.
Para asegurar la posesión de este territorio, los portugueses hicieron que la Isla de Santa Catarina se convirtiese, en 1974, en un pueblo, bajo el nombre de Nossa Senhora do Desterrero, elevándose, en 1726, a la categoría de ciudad.
Tras ser colonizada y rebautizada varias veces hasta convertirse en lo que hoy se conoce como Florianópolis, la ciudad ha empezado a florecer y a consagrarse como un importante centro financiero, lo que puede deberse, a su estratégica ubicación, en la costa sur de Brasil, a medio camino entre Buenos Aires y Río de Janeiro.