Al igual que las grandes ciudades de Brasil, Florianópolis también una alta tasa de alfabetización: un 93 % de la población sabe leer y escribir. Esta buena cifra se puede atribuir a las instituciones educativas de la ciudad que se encargan de promover una educación de calidad.

Entre estas instituciones se incluyen la Universidade Federal de Santa Catarina, la Universidade do Estado de Santa Catarina, el Complexo de Ensino Superior de Santa Catarina, la Universidade do Sul de Santa Catarina, la Universidade do Vale do Itajaí, la Faculdade Estácio de Sá y el Centro Federal de Educação Tecnológica de Santa Catarina, entre otras. De estas universidades, la Universidade Federal de Santa Catarina, con su abreviatura UFSC, se encuentra entre las mejores universidades del país.

En español, la Universidad Federal de Santa Catarina, pública, ocupa el cuarto puesto de la lista de las mejores universidades de Latinoamérica del Webometrics Ranking of World Universities. También es una de las universidades clave en investigación además de ser la tercera institución educativa más grande de Brasil.

Al ser la única universidad federal de Santa Catarina, la UFSC ha sido también motivo del orgullo del estado por la calidad de sus programas de ingeniería, entre los que destacan la eléctrica, la mecánica y la de control.

Fundada en 1962, la universidad acoge cada año a unos 25 000 estudiantes de grado y a unos 8 000 de posgrado.