Blumenau se encuentra en el Valle de Ijajaí. El nombre de esta ciudad es en honor al filósofo y farmacéutico alemán Dr. Hermann Bruno Otto Blumenau, quien fundó la ciudad en 1850 junto con 17 colonos, y sus respectivas familias. Su intención era construir una comunidad agrícola, pero esto resultó imposible debido a la escabrosa tierra de la ciudad.

Antes de que el Doctor Hermann Bruno Otto Blumenau llegase a la ciudad, en la región habitaban tres tribus nativas: los káigangs, los xoklengs y los botocudos, quienes, durante años, se rebelaron contra los colonos alemanes y su promesa de futuro.

A finales del siglo XVIII, comenzaron a llegar a Blumenau colonos de otras partes de Europa en busca de tierras y oportunidades. Estos llegaron desde el Atlántico a las tierras brasileñas en embarcaciones y, con estos nuevos colonos, el número de artesanos y agricultores en Blumenau fue creciendo poco a poco.

En sus inicios, la ciudad se consideraba una propiedad privada de Hermann Bruno Otto Blumenau, lo que provocó una serie de problemas, haciendo que el gobierno interviniera y liberase la ciudad en 1882, aunque el filósofo alemán siguió formando parte de la administración de la ciudad.

La ciudad ha vivido varias inundaciones, ocurriendo la primera en septiembre de 1880. Una década después, entre 1983 y 1984, la inundación más fuerte devastó la ciudad, dejándola aislada durante varias semanas. Tras esto, la ciudad de Blumenau tomó medidas para que no volviese a pasar lo ocurrido y, la mayoría de ciudadanos se trasladaron a las zonas más altas de la ciudad para protegerse.