Manaus tiene muchas universidades. Aunque la lengua nacional es el portugués y es el principal medio de enseñanza, el español y el inglés siguen utilizándose y se incorporan al plan de estudios de la enseñanza secundaria.

La Universidad Federal de Amazonas o Universidade Federal do Amazonas es una de las universidades públicas de Manaus. Es la más antigua de Brasil. Ofrece diferentes titulaciones de grado y posgrado, como Derecho y Comunicación Social, Medicina e Ingeniería. En la actualidad cuenta con un total de 766 facultades que atienden estas diferentes titulaciones. Uno de los graduados más famosos de la universidad es Eduardo Braga, gobernador del estado de Amazonas.

La Universidad del Estado de Amazonas o Universidade do Estado do Amazonas es otra universidad situada en Manuos. Es una universidad gestionada por el estado de Amazonas.

Las otras universidades que se encuentran en Manaus son Centro Universitário do Norte o UNINORTE, Centro de Educação Integrada Martha Falcão, Centro Universitário de Educação Superior do Amazonas o CIESA, Centro de Ensino Superior Nilton Lins, Escola Superior Batista do Amazonas, Faculdade Boas Novas, Centro Federal de Educación Tecnológica o Centro Federal de Educação Tecnológica, Faculdade Metropolitana de Manaus, Universidad Luterana de Brasil o Universidade Luterana do Brasil y Universidade Paulista.