Al igual que en la mayoría de ciudades de Brasil, el deporte está muy presente en Florianópolis también. De hecho, hay dos equipos de fútbol profesionales en esta ciudad, que a su vez es hogar de numerosos iconos del deporte.

En cuanto a fútbol, los equipos Figueirense Futebol Clube y Avaí Futebol Clube se consideran el mayor orgullo de la ciudad. El primero, conocido como Figueira, juega en la segunda división brasileña y se ha hecho con varias victorias en el campeonato del estado de Santa Catarina. Por otro lado, el otro equipo, conocido como Avai, juega en primera división en Brasil y actualmente cuenta con 15 victorias en el campeonato del estado (las mismas que Figueira).

Algunos futbolistas famosos de esta ciudad son Denison Cabral, Arthur Bernhardt, Douglas Teixeira, Anderson Schweitzer, Fábio Machado y Guillerme Siqueira.

Además de fútbol, el deporte de remo es también conocido en Florianópolis. Hay tres escuelas principales de remo en la ciudad que se encargan de la formación de remeros: las escuelas Martinelli Remo, Aldo Luz Remo y Riachuelo Remo.

Más allá de los deportes de equipo, la ciudad presume de ser el lugar de origen de famosos deportistas como el exitoso tenista Gustavo Kuerten y el gran nadador Fernando de Queiroz Scherer.